三个人一起旅游 两个女生一个男生 都是朋友 酒店各住一间房 没问题吧

这很正常啊，同伴之间结伴，同行出去玩都是很正常的现象啊，而且你们是各出各的，嗯费用也是各出各的，没有什么不好的地方啊，我觉得这样挺好的，当然是没有问题的了。我不知道你具体在担心什么事儿，但我感觉这都是正常不过的事儿了，没有什么可让人担心的呀。