敦煌研究院的分设机构
1944年国立敦煌艺术研究所成立，开始了对敦煌石窟文物的管理和守护工作。1949年国立敦煌艺术研究所改名为敦煌文物研究所，并设置保护室（组），开始了对莫高窟的抢救修复和保护。1984年敦煌文物研究所扩大为敦煌研究院，保护室随之扩大为敦煌研究院保护研究所。她是我国最早从事石窟文物保护的专门机构。50多年来，已发展成为一个主要从事石窟文物保护研究，壁画、塑像修复及工程加固为一体的科研实体。保护所下设环境研究室、分析研究室、修复技术室、档案信息资料室、图像处理研究室，文物保护技术服务中心；并设有敦煌研究院保护所与美国盖蒂保护所（GCI）、与日本东京国立文化财研究所、与日本大阪大学合作项目研究实验室等机构。研究所已形成一支由博士、硕士、学士及化学、物理、工程地质、计算机、林学、建筑、测绘、摄影、气象等多种学科，近50人的高、中、初级专业职称组成的保护科技及修复技术队伍。并具有X衍射、X荧光、付立叶红外、偏光显微镜、全自动环境监测仪等一批先进的分析及环境监测仪器设备。现所长由王旭东博士担任。
几十年来完成了敦煌三座石窟的加固工程，及壁画、彩塑的修复、加固。同时协助完成或正在完成新疆、青海、甘肃、河南、宁夏、西藏、浙江等省的壁画、彩塑修复及土遗址加固工程等数十项省内外重大文物保护维修项目。现已完成和正在进行的由国家科学技术部、国家文物局等部门下达的保护科研项目约40多项。其中获国家及省部级奖12项，国家发明专利1项。研究所来与国内一些高校、科研院所合作，先后完成了甘肃省科委重点科技攻关项目“敦煌壁画的计算机贮存与管理系统的研究”、国家科委“九五”国家重点攻关科技项目“濒危珍贵文物信息的计算机存贮与再现系统”、国家863项目“曙光天演Power工作站在文物保护中的应用”、 国家自然科学基金委“多媒体与智能技术集成及艺术复原”等高科技项目。以上项目的研究并付诸实施将为我国采用计算机技术存贮文物开辟一个新的领域。
自20世纪80年代末开始国际合作保护敦煌莫高窟项目，先后与日本东京国立文化财研究所、美国盖蒂保护研究所（GCI）、日本东京艺术大学、日本大阪大学、美国梅隆基金会及美国西北大学等外国机构合作，进行敦煌石窟文物保护、保存等方面的研究。1993年我院同美国GCI、中国文物研究所成功的举办了“丝绸之路古遗址保护国际学术会议”。受联合国教科文委员会资助和国家文物局的委托，举办了“中国石窟文物保护研究培训班”。 2000年又受国家文物局的委托，举办了“土遗址保护培训班”。
敦煌研究院保护研究所将立足敦煌，面向全国石窟及壁画、土遗址，放眼世界，继续加强同国内外的合作与交流，抓住西部大开发这个难得的发展机遇，为保护人类文化遗产做出自己新的贡献。 美术研究所源于1944年成立的国立敦煌艺术研究所。经1950年的敦煌文物研究所美术研究室，1984年为敦煌研究院美术研究所。
美术研究所目前有专业人员20人，其中绘画16人、雕塑2、裱装2人，另有行政1人。
美术研究所主要从事敦煌壁画临摹、复制，敦煌艺术的理论研究，艺术创作活动。是目前国内具有一定规模和水平的壁画临摹、复制、研究的专业性机构。
经过几代人辛勤艰苦的劳动，美术研究所现拥有壁画临本2000余幅，彩塑50余身，复制原大洞窟11个，研究论文30余篇。除对敦煌莫高窟、榆林窟、西千佛洞的壁画临摹外，还应邀临摹、复制了陕西章怀太子墓、懿德太子墓、新疆克孜尔壁画、拜城壁画、嘉峪关、敦煌魏晋墓画像砖等。
为弘扬中华民族优秀的文化遗产，敦煌壁画临本和彩塑临品，自1943年至2000年底在国内外展示了敦煌艺术展览20余次，使更多的人了解到古代劳动人民所创造的灿烂辉煌的敦煌艺术。
美术研究所为敦煌火车站、兰州火车站创作了大型的室内外壁画。为香港志莲净苑创作了佛教壁画。在继承传统艺术精华走向新壁画创作的道路上，留下了探索的足印。 敦煌研究院敦煌文献研究所，成立于1980年，原为敦煌文物研究所遗书研究室，1984年扩建为敦煌研究院遗书研究所，1995年改今名。为敦煌研究院专门从事敦煌文献的整理和研究的职能部门，主要从事敦煌莫高窟藏经洞出土的各类文献的整理和研究工作，内容包括敦煌佛教文献、敦煌社会经济文献、敦煌历史地理文献、敦煌科技史文献、敦煌文学文献、敦煌道教及其它宗教文献、藏经洞艺术品等的整理和研究。近根据敦煌学发展的需要及自身的研究条件，敦煌文献研究所的研究人员主要集中从事敦煌文献与敦煌石窟的结合研究、敦煌文献与敦煌史地的结合研究等。
敦煌研究院编辑部
敦煌研究院编辑部的主要职能是编辑出版、发行《敦煌研究》和策划、组稿、编辑敦煌学的文集、图册。该部主编的《敦煌研究》，从1983年创刊以来，从不定期到季刊、双月刊，20年来，连续出版70多期，配合大型国际学术讨论会，又出版增刊5期。该刊在敦煌学界、我国期刊界已有良好的影响，海内外一些国家图书馆、大学、科研单位、文物部门列为永藏期刊，一些专家学者的案头必备之刊，亦被列入中国社科核心期刊。《敦煌研究》先后荣获甘肃省优秀社科期刊奖、一级名牌期刊奖和国家优秀社科期刊奖，进入第一、二届全国百种重点社科期刊和中国期刊方阵“双高”期刊。
该部20多年来组织编辑出版了《1983年全国敦煌学讨论会文集》（4卷）、《1987年国际敦煌石窟讨论会文集》（2卷）、《1990年敦煌学国际研讨会文集》（4卷）、《1994年敦煌学国际学术讨论会文集》（4卷）、《2000年敦煌学国际学术讨论会文集》（4卷）、《敦煌研究文集》（5卷）、《敦煌石窟艺术》（30卷）等。其中不少获省级、国家级出版奖。编辑部以展示学术成果、弘扬敦煌艺术为己任。 敦煌研究院摄录部的主要职能是为敦煌石窟的保护、研究、弘扬工作提供图片、录相等信息资料。该部门现保存有自20世纪50年代起所拍摄的各类石窟文物摄影资料近40,000张；自20世纪80年代起所拍摄的各类录相资料近100盘。
长期以来，该部门承担了大量国内外有关敦煌石窟艺术出版物的图片摄影工作，如《中国美术全集·敦煌壁画卷》、《中国美术全集·雕塑卷》、《中国石窟·敦煌莫高窟》（5卷）、《中国石窟·安西榆林窟》、《中国壁画大全·敦煌》（10卷）、《中国石窟雕塑大全·敦煌卷》、《敦煌石窟艺术》（22卷）、《敦煌石窟艺术全集》（28卷）、《中国敦煌》、《敦煌经典五十窟》、《敦煌石窟鉴赏丛书》等；该部门还摄制了《莫高窟艺术》录相专题片和《敦煌莫高窟艺术》VCD光盘；除了拍摄石窟文物之外，该部门还拍摄了大量有关丝绸之路名胜古迹、自然风光的摄影作品并结集出版。 敦煌研究院陈列中心全称为“敦煌石窟文物保护研究陈列中心”,是我国唯一的石窟类文物保藏陈列机构，占地面积两万多平方米,建筑面积五千多平方米,由日本政府无偿援建,于1992年2月开工,1994年4月落成,同年8月21日正式开馆。
该中心内设录像演播厅和三个展区，敦煌石窟艺术的精华和发展历程的概况在此得以展现。第一展区是8个原大复制洞窟，它们是敦煌莫高窟十六国时期的第275窟、西魏第249窟和第285窟、隋代第419窟、初唐第220窟、盛唐第217窟、元代第3窟和安西榆林窟中唐第25窟，均属各时期的杰出代表窟，展现了自十六国至元代一千年间敦煌石窟艺术的风采。第二展区是敦煌石窟文物陈列，展出敦煌石窟出土的文物精品。第三展区位于中心展厅二楼，为机动展区，可以举办各种展览和专题文物陈列，正式展出的是“西藏铜雕艺术展”，展示藏传佛教金刚造像精品，有很高的文物价值和观赏价值。
陈列中心下设有文物收藏管理、陈列展示、讲解服务、设备管理等部门，管理陈列中心日常运营和对外开放，承办各种展览和敦煌研究院对外展览活动。为人们全面深入地了解敦煌石窟和敦煌佛教艺术，提供了有力的帮助和支持。 敦煌藏经洞陈列馆是敦煌研究院陈列中心所辖的专题陈列馆，位于敦煌莫高窟南区北端三清宫内，与闻名中外的“藏经洞（第17窟）”毗邻。三清宫俗称下寺。清光绪二十六年（1900年）五月，湖北麻城人王圆箓道士于该寺侧发现藏经洞，后以私售藏经洞文物和募化所得，于清光绪三十四年（1908年）重修前三清宫，寓居于此。该寺为藏经洞文物发现、被盗之重要见证，岁月既久，失于修葺。敦煌研究院于藏经洞发现百年之际，修复重建此寺，辟为“敦煌藏经洞陈列馆”，展示藏经洞精美文物及发现、流散之史实，以昭示后人。
藏经洞陈列馆内辟王圆箓道士旧居，藏经洞开凿、封闭、发现、流散、被盗史实陈列和敦煌研究院收藏的藏经洞出土文献、佛经等文物真品陈列，以及临摹的现收藏于英国博物馆和法国吉美博物馆的绢画和纸画精品陈列等。是敦煌莫高窟一处重要的旅游接待场所。 敦煌研究院接待部，主要承担莫高窟石窟艺术的讲解和宣传工作。讲解员均受过系统的专业培训和严格的考核。讲解语种有中、英、日、法、德、韩、俄七种。外语讲解员均在正规外语院校进行过系统的进修学习，能用较流畅的语言进行讲解。
为了在确保文物安全的前提下作好旅游接待工作，该部的接待方式是：
一、所有游客均在该部讲解员的带领下进行参观。
二、旅行团队在购票后直接到该部联系讲解员。
三、内宾散客到入口处集中，每25人左右为一组，派一名讲解员带领参观。
四、外宾散客在旅游旺季（六～十月）每天定时安排外语讲解（上午9：00，下午2：30），其他月份随到随安排。
五、“五一”国际劳动节、“十一”国庆节和农历四月初八（浴佛节），实行对内宾守洞讲解，外宾带领参观讲解的方式。 敦煌研究院保卫处成立于1989年8月，主要担负着敦煌研究院所辖莫高窟、榆林窟、西千佛洞三处石窟及馆藏文物的安全保卫和辖区的治安管理工作任务。落实“防盗、防火、防破坏、防灾害事故”的各项安全防范措施。严密各项治安管理，加强社会治安综合治理。防范和打击各类违法犯罪活动，确保文物安全和社会治安的稳定，为敦煌研究院各项事业的顺利开展保驾护航。
自1989年以来，敦煌研究院保卫处连年被酒泉地区、敦煌市评为“社会治安综合治理”先进单位；1994年以来获得酒泉地区公安保卫系统“一级达标”单位；连年被敦煌市公安局评为公安保卫系统先进集体；1996年荣获“全国文博系统安全保卫工作”先进集体；2000年获得酒泉地区“无毒社区”称号；2001年被敦煌市评为“消防工作先进单位”。 敦煌研究院党委办公室是院党委下属的综合办事机构。主要职责是对党的路线、方针、政策和全院贯彻执行情况做好调查研究，向党委提出贯彻意见，并组织实施；掌握全院党员、干部和群众的思想动态，并进行综合分析研究，有目的、有计划地安排党员、干部和群众开展学习；检查督促各党支部贯彻执行党委决议和开展组织生活，积极做好党员发展工作；按照《党政领导干部选拔任用工作条例》，做好干部的培训、考察、任用工作；搞好党内监督，配合院纪检组，加强党风廉政建设，做好党员干部的来信来访工作；搞好我院爱国主义教育基地建设；搞好***青团、妇女、统战、保密、社会治安综合治理等工作；搞好党内文件的收发、传阅、处理、归档工作。