阿奴没找到水灵珠，失望地离开树洞，带李逍遥进入大理城，伺机进入麒麟洞。怎样进入大理城
云姨告诉林月如，刘晋元自从苏州回来后就得了一种怪病，群医无策，现在正在后花园的厢房中疗养。月如和李逍遥去探病，正看见刘晋元的病又发作了，疼得大叫。一名彩衣美女闻声而至，服侍他吃药后才安静睡着。这名彩衣女子名为彩依，是刘晋元刚娶的妻子。离开厢房时，婢女来报，夫人请两位用餐。用餐时云姨告诉两人彩依嫁给刘晋元的经过。
京城·大街
饭后，林月如带李逍遥出门逛街。到刘家对门古董商家，将布包交给古董商的妻子，得到回送的紫金葫芦，从葫芦的底部学到灵葫咒。在酒馆中遇到在苏州曾见过的算命仙，由于预言很灵验，李逍遥执意赠他500百文礼金。桥头有位乞丐，给他身上一半钱，他会说到他曾在刘家后花园见到彩依变成蝴蝶精的事。再给100文，他会说妓院最近来了一位小莲儿。李逍遥疑心是灵儿，赶去调查，结果不是。回到桥头，见刘府婢女阿萍来报，刘夫人要二人赶紧回去。
京师·刘宅
回到刘宅才知，原来是林月如的父亲来了。他要李逍遥单独和他到后花园谈话，实为要试李逍遥的武功。李逍遥挡下林父的七诀剑气后，林父就离开了。正当李逍遥和林月如在树林前谈话，看到彩依从树林中走出，吓了一跳，因此再到厢房探视刘晋元，偷看到刘晋元怀疑彩依的来历，不肯吃药，将药打翻。彩依不得已将刘晋元迷倒，再度出门去采药。李逍遥将刘晋元救醒，三人出门遇到云姨。云姨要刘晋元暂时到她的房里休息。此时，婢女阿香提到她家乡如有人梦游不醒就会找道士做法，因此云姨给李逍遥3万文，托两人出外找个道士来捉妖。
京师·大街
两人在酒馆中找到一名自称是太乙真人门下弟子的茅山道士，索价15000文。
京师·刘宅
茅山道士看过刘晋元的病后，判断刘晋元所中的毒是盅毒和一种不知明的毒，常人如果中了毒都活不过7天，而刘竟活了一个月，因此甚为奇怪，要到刘晋元房中查看。到了厢房，道士称房中有妖气，要作法驱妖，却屡次失败，吓得逃走。月如和李逍遥一出厢房见有异物飞过，同时飘来令人昏睡的牡丹花香，两人紧闭呼吸，没有昏倒，但刘府其他人等都因此而昏睡了。刘晋元也不见了。府外兵士未得刘尚书的命令也不敢入内。此时，刘府外河里漂来一具尸体，李逍遥将其捞起一看，却是传授他剑术的酒剑仙。酒剑仙打个哈欠醒来，听李逍遥说后要他赘开坛作法的用具蜡烛、符纸、檀香和酒。取得用具后，酒剑仙在刘府后花园施展醉仙封魔大法，结果作法没多久就睡着了。月如以为他喝醉了，到后花园见到变回蝴蝶的彩依和昏迷不醒的刘晋元。月如不听彩依的解释，持剑相逼。彩依不得已将刘晋元带到树林里面。
树林
李逍遥和林月如追进树林，见到彩依带着刘晋元飞到一张大蜘蛛网前，听到她与蜘蛛的谈话，才知道事情的真相。原来，一个月前彩依不小心被困在蜘蛛网上，为刘晋元所救，但刘晋元也因此被蜘蛛精黑娘子下了缠魂丝之毒。彩依为了报恩，化身为人嫁给了刘晋元，原想用自制的百花仙酿救治他的病，结果刘晋元怀疑，拒绝用药。如今刘晋元的病情恶化，只好带着刘晋元来见蜘蛛精，愿以己身换取刘晋元的性命。李逍遥一看误会了彩依，挺身与黑蜘蛛相斗，由于黑蜘蛛一死，此毒无人可解。彩依只好将千年道行输送给刘晋元，以换取十年寿命，并要林月如永远不要告诉刘晋元真相，以免他伤心。失去千年道行的彩依失去了变为人形的能力，化为一支蝴蝶翩然而去。稍后刘夫人赶来，带病愈的刘晋元回府。
李逍遥因灵儿之事请酒剑仙带他去蜀山找独孤剑圣，酒剑仙也有心收李逍遥为徒，于是施展飞仙术带李逍遥和林月如回蜀山。
蜀山·仙剑派
到蜀山仙剑派后，酒剑仙带二人见过师兄独孤剑圣。李逍遥向独孤剑圣问及灵儿之事，独孤剑圣一口否认。李逍遥在练丹房见到小石头化成的玉佛珠。小石头说，灵儿已被剑圣关到锁妖塔中。李逍遥持玉佛珠向剑圣质问，剑圣认为灵儿是个妖孽，因此关入锁妖塔中。由于仙剑派弟子皆不得进入锁妖塔，因此李逍遥放弃拜酒剑仙为师的打算，酒剑仙有感于李逍遥的真诚，虽无师徒之名，却再度向李逍遥传授逍遥酒神咒、醉仙望月步，仙风云体术等法术，并赠以雷灵珠，送他们到后山门。
蜀山·锁妖塔
进入锁妖塔，李逍遥和林月如被传送到塔顶，从塔顶往塔底一层一层往下寻找灵儿的下落。两人终于在一层插有巨大剑柱的大厅中找到灵儿。此时李逍遥也记起仙灵岛的事情，他并不介意灵儿的身分，月如也同意与灵儿***侍一夫。这时镇狱明王突然现身阻止，李逍遥一看唯有武力可解决，与月如、灵儿联手打败了镇狱明王。这时在第五层从坛中救出的天鬼皇带领大群妖魔出现，要李逍遥帮忙他们离开锁妖塔，但却没有有人知道离塔的方法，这时在第四层遇到的书中仙说塔底的化妖池中有7根七星蟠龙柱，是支撑锁妖塔的，只要将柱子砍除即可，不过要小心守护柱子的神龙。由于化妖池水会融化妖魔，只有李逍遥三人可下。找得一入水口后，3人即潜进化妖池中，陆续击败7只守护神龙后，将龙柱全部推倒，顿时锁妖塔完全崩毁，而月如为救李逍遥和赵灵儿，不幸被巨石击中。
苗疆·圣姑家
独孤剑圣面冷心热，亦为李逍遥的真情所感动，危中将3人救出锁妖塔，送到苗族长老圣姑家中治疗。李逍遥只是皮肉伤，灵儿因有孕而动了胎气，唯月如因被巨石直接打倒，已是回天乏术。李逍遥醒了之后，圣姑要他到神木林的金翅凤凰巢中取回凤凰蛋壳，并到大理城的火眼麒麟洞中取得麒麟角合药，给灵儿安胎。
神木林
从圣姑家外的一棵树上拿到多个鼠儿果，在香蕉树上采得香蕉2根。过了一道桥后，来到西南方的神木林。由于凤凰喜欢在高枝上筑巢，李逍遥攀枝越树，途中两次遇到小猴子挡道，均用香蕉打发。最终见到凤凰巢，赶走了护巢的凤凰，正要取蛋，此时有一小苗女出现把蛋抢走，追赶之际，从树上跌下。小苗女将李逍遥救醒，得知小苗女是白苗族长的女儿阿奴。由于圣姑合药只要蛋壳，阿奴答应他小凤凰出生后，就将蛋壳给他，但在此之前，李逍遥需帮她到一处隐密的树洞是偷妖怪的宝物。
树洞
阿奴带着李逍遥来到一个树洞中，趁妖怪首领离开时进入洞中，想不到他们翻遍整个藏宝室也找不到阿奴所要的水灵珠。原来阿奴想要找到水灵珠祈雨，来化解自从巫后之变以来长达10年的旱灾，化解白苗族和黑苗族之间为争夺水源而引起的战争。
大理城
阿奴没找到水灵珠，失望地离开树洞，带李逍遥进入大理城，伺机进入麒麟洞。大理城是白苗族首府，为了抵抗黑苗族的进攻，目前呈现剑拔弩张的警戒状态。火眼麒麟是白苗族的圣兽，未经族长允许，两人当然不得入内。阿奴先去找她母亲白苗族长，族长正在开会商量如何对抗黑苗族，没时间和阿奴长谈。阿奴离开会议厅，正好遇见守卫麒麟洞的士兵正好抓到一位奸细前来报告，因此心生一计，回到麒麟洞前，骗走另一位士兵，和李逍遥进入麒麟洞。
大理城·麒麟洞
李逍遥和阿奴在洞中找到火眼麒麟，阿奴调皮，去揪正在睡觉的火眼麒麟的胡子，醒来的火眼麒麟与李逍遥打了起来。击败的火眼麒麟化成人形，问李逍遥的来意，知道灵儿是女娲后裔，很大方地拔下一支角送给李逍遥，并要李逍遥到大理城中女娲神殿走一趟。
大理城·女娲神殿
女娲神殿是白苗族祭祀女娲女神的地方，殿中蛇尾人身石像据说是十年前大水灾时带来的，因其与女娲神形似，故在神殿里供人祭拜。李逍遥见石像容貌与灵儿极为相似。不由得向前察看，却被传送到一个地方，在此见到灵儿的母亲巫后，才知石像是巫后所变。巫后问明李逍遥对灵儿的情意后，就将他传送到十年前的南绍城。
南绍城·黑苗族王宫
李逍遥被传送到一处郊野，见到数名黑苗族士兵奉拜月教主之命，正在追杀正带年仅6岁的灵儿逃离苗疆的姥姥。李逍遥杀死这些士兵，姥姥向她道谢后带灵儿乘凤凰离开。随后又有另一批黑苗士兵来到，李逍遥再次打败这些黑苗士兵，为避免麻烦，李逍遥也换上黑苗服祝向西走看到一艘小船，船上的黑苗士兵要他一起到王宫集合。南绍城此时为大水所淹，拜月教主认为是巫后所为，鼓动士兵胁迫巫王处死巫后。李逍遥潜入王宫中的监牢见到被囚禁的巫后，巫后要他到王宫地下宫殿取回天蛇杖，以便脱困。
南绍城·地下宫殿
李逍遥告诉地下宫殿石长老一句巫王交待的暗语。进入地下宫殿取回被巫王没收的天蛇杖，将天蛇杖交给监牢中的巫后。两人正要逃离，巫王和拜月教主来到，拜月教主施法，使巫后露出蛇尾人身的原形，迫使巫后带着李逍遥逃往王宫下面的地下水道。
南绍城·地下水道
在地下水道，李逍遥和巫后遇到拜月教主带着水魔兽前来追桑原来拜月教主破坏女娲的封印，召唤太古魔兽造成了水灾，却利用巫后不是人类而嫁祸给她。由于水魔兽遇水即生，因此只能暂时将她打败，却无法彻底消灭。巫后带着李逍遥且战且逃，终于无路可逃，最后巫后牺牲自己消灭水魔兽，而将李逍遥传送到他家附近的山神庙。
山神庙
李逍遥被传送到离家不远的山神庙，见到了十年前的自己。才9岁的他说山神庙里来了一位受伤的老婆婆和一位小女孩。李逍遥进去一看，原来是姥姥和灵儿逃难至此。姥姥给他带一条凤纹手绢作为信物，到港边找接应的人。
小镇·港口
李逍遥来到港口，一位船上的商人认得这条凤纹手绢，原来他就是灵月宫主所变。灵月宫主带姥姥和灵儿回仙灵岛躲藏。行前她告诉李逍遥有一种叫做回魂仙梦的法术能够使人在梦中看到过去，如果想要结束这个梦，只要满足做梦之人心底的愿望即可回到现实。
山神庙
李逍遥在从山神庙西南小路的树下小箱子中见到一颗很特别的小珠子，9岁的李逍遥过来阻止，说这颗珠子是父亲送给他的，李逍遥和小时候的自己商量，以一柄木剑交换这颗水灵珠。身上没有木剑，可到小镇港口处的木匠铺里买一把。
大理城·女娲神殿
得到水灵珠后，李逍遥又重回女娲神殿的石像前，见到阿奴正在为他的安危祷告。原来他已失踪一个月了，小凤凰也已经出生了。
苗疆·圣姑家
李逍遥将取得的凤凰蛋壳和麒麟角交给圣姑，数月后灵儿顺利生下一个女儿，取名为忆如，以纪念月如。圣姑要李逍遥到试炼窟中抓36只傀儡虫回来。
苗疆·试炼窟
从大理城外向东南方向走可到试炼窟。半道上李逍遥遇见盖罗娇正在训练五毒兽以对抗黑苗族，为避免秘密泄漏，想杀人灭口，李逍遥不得已只好出手还击，打败她后，阿奴出现阻止盖娇奴再度拼命。盖罗娇离去后，李逍遥和阿奴一起进入试炼窟。阿奴提到传说试炼窟深处有女娲的陵墓，但没有人能够到达。李逍遥一边打败怪物，获得傀儡虫，一边往地底深处走，在女娲陵墓外放置兵马俑的大厅西南方找到一个幻像墙，穿墙而过后，先到北边的石室取得芦苇漂，再到南边水道使用芦苇漂，经过一个水上迷宫，就到了女娲陵墓。在此可得到玄冥宝刀，无尘剑、金罡珠、冥蛇杖等至宝，并可以学到土神、雷神、风神、雪妖、火神等法术。之后，利用土灵珠回到地面。
桃花林
将傀儡虫交给圣姑后，托她照顾忆如，李逍遥和阿奴陪灵儿到大理城。出圣姑家，过桥向西北走有一座桃花林，使用风灵珠吹散浓雾，就可以进去。在桃花林可使用飞龙探云手从怪物身上偷得天仙玉露、女娲石、灵山仙芝等宝物，而且也可以提升灵儿的等级。
大理城·女娲神殿
到了大理城，正赶上黑苗族来袭，白苗族处于下风，老弱妇孺痘撤到女娲神殿避难。灵儿到巫后石像前祈祷，巫后显灵，要灵儿用爱化解两族间的仇恨，并将圣灵珠、圣灵披风、天蛇杖交给灵儿。灵儿到神殿右侧的祭坛祈雨。先将圣灵珠放在祭坛前石碑中央的圆孔中，祭坛会升起5根石柱，依次将雷灵珠、风灵珠、土灵珠、火灵珠、水灵珠放在东西南北中5个石柱顶端的凹孔中，念出祭雨咒文，不多时，久旱无雨的苗疆终于下起了十年来第一场雨，大地复苏，正在激战的双方士兵也停止了战斗。黑苗族兵大嚷女娲娘娘发怒了，纷纷逃走，拜月教主也挡不住。正当白苗族欢庆胜利时，地底下突然钻出一只地魔兽，消灭地魔兽后，灵儿决定循它钻出的地底通道，到南绍城去。
南绍城·王宫
穿过地底通道到达地底王宫。从地底王宫进入王宫大殿，看到巫王独自坐在王座上，巫王要将王位让给灵儿，并原谅他的行为。话没说完，拜月教主就出来制止。李逍遥打败他派出的殿前武士，巫王突然偷袭灵儿，使她受了重伤。原来巫王早已被拜月教主害死，这个巫王是妖怪乔装而成。李逍遥和阿奴杀掉这个装扮成巫王的妖怪后，阿奴留下来为灵儿疗伤，李逍遥则在王宫入口处追上拜月教主。拜月教主承认水灾和旱灾均是他一手操纵，他要率领魔兽征服天下。这时灵儿和阿奴也赶到，三人合力将拜月教主打倒。拜月教主投水，与水魔兽合体，引发大水，将李逍遥和阿奴冲走，只有灵儿飞身上前与水魔兽决战。
魔兽消失了，大水也退了，但灵儿不再出现。不久李逍遥与阿奴告别，独自离开了苗疆。阿奴送走了逍遥，也送走了她的心。月如得圣姑以傀儡虫复生，抱着初生的忆如，等待李逍遥和灵儿归来。