生化危机：黑暗历代记的游戏设定
本作与生化危机系列不同作品的情节是里昂在回忆时才会从《哈维尔作战》切换至《失落城市的回忆》或《被遗忘的游戏》。但全部的关卡破完后，玩家根据自己的喜好选择不同章节游玩。玩家在不同的章节会控制不同的主角，例如选择《哈维尔作战》就会控制里昂·S·肯尼迪（Leon Scott Kennedy）及杰克·克劳萨（Jack Krauser），选择《被遗忘的游戏》游戏前半会控制克莱尔·雷德菲尔德（Claire Redfield）及史蒂夫·伯恩赛德（Steve Burnside），游戏后半则会控制克莱尔·雷德菲尔德（Claire Redfield）及克里斯·雷德菲尔德（Chris Redfield）。
本作与《生化危机 安布雷拉编年史》一样，也采第一人称视点游玩，并且可以由两位玩家一齐游玩，未达两人时，另一方由电脑替代。弹药虽然在任何状况下都是***用的，但血量是分开的。在游戏中可以获得武器、弹药、金钱，也可以用金钱强化自己所获得的武器的威力或换弹速度。各关破坏东西、打死敌人所得到的总额以分数表示，每玩完一个小章节就会做个分数统计。
在隐藏要素中，可以玩所谓的“豆腐关卡”，也就是所有的僵尸都变成豆腐袭击玩家，而玩家要想办法生存。只要玩家达成过关评价S级，就有机会得到主角们的隐藏服装。 《暗黑编年史》的故事基础为生化危机系列的历史剧情和《暗黑编年史》的独创剧情。主要是补完《生化危机2》和《代号：维罗妮卡》的故事。
暗黑编年史原创剧情
《哈维尔作战》（Operation Javier），故事发生在2002年，也就是系列作《生化危机4》故事的两年前。男主角里昂·斯科特·肯尼迪（Leon Scott Kennedy）与他的战友杰克·克劳萨（Jack Krauser）因为收到了安布雷拉公司的研究人员潜逃到南美洲的消息，而将在南美洲的一个小国家，执行他们的调查任务。
生化危机系列历史剧情
《生化危机2》的内容，故事发生于1998年9月29日，刚当上警察的里昂·斯科特·肯尼迪（Leon Scott Kennedy）与克莱尔·雷德菲尔德（Claire Redfield），在浣熊市展开他们的亡命之旅。
《生化危机 代号：维罗妮卡》的内容，1998年12月，为了寻找哥哥而前往安布雷拉公司巴黎分部进行调查的克莱尔·雷德菲尔德，却被逮捕监禁于洛克福特岛（Rockford Island）刑务所，她要与史蒂夫?伯恩赛德（Steve Burnside）一起离开这与外界隔绝的地方。 里昂·斯科特·肯尼迪
在这个游戏则是由他作为核心人物带出《生化危机2》及《生化危机 代号：维罗妮卡》的详细部分，在此篇将与杰克·克劳萨（Jack Krauser）一起执行南美洲任务。
杰克·克劳萨
在这游戏里还是个美国陆军特种部队的军人，将与里昂在南美洲执行任务。但执行任务的期间，他对病毒的想法渐渐改变。
哈维尔·赫达格
里昂与克劳萨的目标，是个行为奢侈而声名狼藉的人，情报显示：安布雷拉公司的研究人员逃到他那里，故里昂与克劳萨需要前往调查他。
玛妮拉·赫达格
哈维尔·赫达格的女儿，由于哈维尔的妻子与女儿玛妮拉都患了一种不治之症，为了救活他们母女两，他将圣女病毒（Veronica virus）注入他的妻子与他的女儿的体内以治疗症状，但是他的妻子最后治疗失败了，所以为了不让女儿步上后尘，而绑架许多跟玛妮拉血型、年龄相同的女子、并将她们分肢，接上玛妮拉突变的肢体。玛妮拉因受不了痛苦，而逃离他父亲身边，逃离时遇到了里昂与克劳萨，并引领他们到哈维尔的基地。 里昂·斯科特·肯尼迪
1998年9月29日，当自己还是警察时的里昂，将与克莱尔在浣熊市展开他们的亡命之旅。
克莱尔·雷德菲尔德
为了寻找哥哥而被困在浣熊市的克莱尔，将与里昂做一场永身难忘的噩梦。
艾达·王
艾达在次的任务是获得G病毒样本，但在潜入地下研究室时被雅妮·柏金发现，当雅妮要射杀艾达时，里昂出现帮她挡子弹，两人也因此产生了微妙的感情
雪莉·柏金
威廉·柏金与雅妮·柏金的女儿，在T病毒外泄后，为了寻找父母，决定跑到警察局的地下研究室，在警察局遇到里昂与克莱尔，于是三人一同到地下研究室。最后雪莉感染到了G病毒，但里昂与克莱尔即时找到疫苗替雪莉解毒。
威廉·柏金
地下研究室的主任，同时也是发明G病毒的人。病毒外泄后，Umbrella Special Forces的4名队员便潜入地下研究室，袭击威廉博士并抢走G病毒样本，威廉为了活命，将仅存的G病毒注入体内，虽然活下来了，但自己的身体也与G病毒合而为一，变成了失控的怪物。 克莱尔·雷德菲尔德
1998年12月，浣熊市事件过后的三个月。为了寻找哥哥，克莱尔偷偷潜入安布雷拉公司位于巴黎的分部进行调查，不料却被逮捕，移送到的洛克福特岛（Rockford Island）刑务所监禁，在岛上克莱尔遇见了史蒂夫·伯恩赛德，两人将逃离这个与外界隔绝的地方。
史蒂夫·伯恩赛德（Steve Burnside）
史蒂夫的爸爸原本是安布雷拉公司的工作人员，但是他爸爸却欲将安布雷拉公司的企业数据交给其他企业公司，最后消息走漏，因此史蒂夫的母亲被杀害，而他和他的父亲被移送到的洛克福特岛。岛上T病毒外泄，史蒂夫就遇到克莱尔，两人也开始了他们逃命之旅。
阿尔弗雷德·阿修佛德（Alfred Ashford）
洛克福岛刑务所，这个刑务所长久以来都由阿修佛德家族（Ashford）所有，而阿尔弗雷德是现任的刑务所所长，以玩游戏的方式阻止克莱尔与史蒂夫逃出这座岛。其后被拥有圣女病毒的艾莉西亚以“没即时唤醒他，让她少玩15年”的原因所杀死。
艾莉西亚·阿修佛德（Alexia Ashford）
阿尔弗雷德的妹妹，在15年前的圣女病毒研究中扮演着要角的天才儿童，但却于15年前英才早逝。事实上她在培养槽里沉睡了15年后，阿尔弗雷德终于启动了培养槽，唤醒了艾莉西亚。拥有圣女病毒的艾莉西亚，以“没即时唤醒他，让她少玩15年”的原因杀了他的哥哥。
克里斯·雷德菲尔德（Chris Redfield）
克莱尔曾在史蒂夫引导下找到电脑，她将她的位置座标及状况传送给里昂，而里昂则将此传送给克莱尔的哥哥克里斯，克里斯得知妹妹有难，当然由自己接下这个救援任务。克莱尔与史蒂夫逃出洛克福岛，但却来到了南极，史蒂夫就在要坐上雪铲车的时候被艾莉西亚抓走。所以游戏后半部，克莱尔的搭档变成克里斯。
阿尔伯特·威斯克（Albert Wesker）
威斯克此时是奉命取走代号：维罗妮卡的样本，他在洛克福岛时躲在暗处与克莱尔与史蒂夫对话，在南极带走了史蒂夫被病毒感染的遗体以萃取史蒂夫身上的圣女病毒，并用了S.T.A.R.S的小刀在墙壁上刻了“I won the game”（我赢了这场游戏），最后克莱尔与克里斯搭乘喷射机脱逃时，两兄妹与威斯克看对眼，之后就顺利逃出南极。